Hallo turbo,
die stufenweise Wiedereingliederung ist eine medizinische Maßnahme und bedarf einer Verordnung. In der stufenweisen Wiedereingliederung ist die Person weiterhin krankgeschrieben (AU-Bescheinigung). Bei Krankheit ist der Urlaubsverfall auf Grund einer Entscheidung des EGH und in Folge des BAG gehemmt.

Mehr unter Urteile z.B. http://www.schwbv.de/urteile/134b.html

Soweit die allgemeingültige Rechtsprechung. Könnte durch die kirchliche Rechtsprechung abweichend sein.