Unser Arbeitgeber führt gesetzl. Feiertage und Wochenenden als Fehltage im Zeitkonto auf

Das ist eigentlich keine Rechtsfrage zum Schwerbehin­dertenrecht, sondern für Personalrat – und richtet sich m.E. nach § 5 Abs. 5 AU-Richtlinie wie folgt:

(5) Besteht an arbeitsfreien Tagen Arbeitsunfähigkeit, z. B. an Samstagen, Sonntagen, Feiertagen, Urlaubstagen oder an arbeitsfreien Tagen auf Grund einer flexiblen Arbeitszeitregelung (sogenannte Brückentage), ist sie auch für diese Tage zu bescheinigen.

Genau deswegen zählen solche Tage z.B. auch beim BEM als AU-Tage lt. Fachschrifttum zu § 167 SGB IX

Gruß,
Cebulon